albo masz uszkodzoną tablicę partycji.
spróbuj z poziomu dos'a odpalić: fdisk /mbr.
jeśli to nie pomoże, z poziomu konsoli uruchom chkdsk (jeśli nie wiesz, jaki parametr podać, wpisz chkdsk /? a wyświetli ci ich listę).

offtopic:
hehe - przyszedł wczoraj do mnie koleś z kompem - nie startował mu windows.
no to odpalam kompa i patrzę, że maszynka botuje z flopa.
patrzę, a tam dyskietka :P
chcę zobaczyć jego minę dzisiaj, jak przyjdzie po jego odbiór :D

Pewny jesteś? Sprawdzasz wszystkie pliki i katalogi (włącznie z ukrytymi i systemowymi)?
To byłoby bardzo dziwne.
Odpal analizę w defragmentatorze i sprawdź, jakie pliki są najbardziej pofragmentowane - powinny tam być zarówno największe pliki jak i te najczęściej zmieniane. Czyli te najbardziej podejżane o zabieranie miejsca.

Odinstalowywałeś programik typu UnErase ostatnio? - pokaż systemowe pliki i pozaglądaj do kosza (RECYCLER) na każdej partycji (nie na pulpicie) - wyrzucaj z tamtąd wszystko co sie da - to co sie nie da usunąc powinno mieć już 0KB.
Bardzo często też miejsce zabierają katalogi Found.000 (ukryte-systemowe) - bezużyteczne w zasadzie (pliki po naprawie przez scandisk)

Może chodzi o alternatywne strumienie - takie 'coś' na partycjach NTFS w uproszczeniu pozwalające dopinać do plików 'niewidzialne' dane - winda podaje, że plik zajmuje 1KB a tak naprawde ma przypięte 2GB ;) pare wrednych trojanów, robaków i wirów tak się ładowało i robiło podobne 'cyrki' /sprawdź czy nie nasz w autostarcie czegoś takiego jak jakis_katalog:jakis_plik.exe lub lakis_katalog\jakis_plik:jakis_plik.exe - tak, ze średnikiem/.