1. najpierw zmień wielkość framerate w Virtualdubie. ale samego video bo inaczej prawie napewno bedziesz miał kłopoty z synchronizacją dźwięku. (Video - Direct Stream Copy - Framerate)
potem zmień framerate samego dźwięku programem BeeSweet + nakładka graficzna
http://dspguru.doom9.net/
2. CCE zawsze rozdziela audio od video.
3. moim zdaniem lepiej pracować oddzielnie na plikach audio i video.
4. połączysz je potem w TMPGenc (Multiplex)