Chłodzenie dysków poprawia bezpośrednie przykręcenie ich do obudowy (bez przekładek izolacyjnych)

Musisz znaleźć takie rozmieszczenie HDD (w szynach) aby wibracje były jak najmniejsze

Dodatkowo spróbuj usztywnić obudowę używając kilku blachowkrętów w newralgicznych węzłach - niezły jest też klej typu "gwóźdź w płynie"