Nie ma takiego hex edytora, który by automatyzował to co opisujesz (a chyba tak byś chciał). Nawet Hex Workshop ma dość ubogą obsługę batchy. Przydałoby się coś co przyjmowałoby trochę więcej parametrów niż open i goto; może jakieś skrypty nawet? Aj, rozmarzyłem się...
Manualnie to możesz zrobić tak, że stawiasz markery lub bookmarkujesz daną ilość wartości pod danym adresem/adresami. Możesz też używać opcji compare dwóch plików (dość sporo kryteriów). Tak przynajmniej można działać w HW. Jak w innych to nie wiem, ale to są dość podstawowe opcje, więc każdy powinien to potrafić.