Kosz opróżniony?
Przywracanie systemu czy inne windowsowe czary-mary coś też mogą kryć...
Co pokazuje windowsowe zarządzanie dyskami?
EDIT: niektóre foldery mają (wiem z autopsji) bardzo pogmatwane uprawnienia dostępu - nawet użytkownik zalogowany jako administrator nie ma do nich dostępu - miejsce na dysku zabierają (czasem nawet sporo), a we właściwościach tego nie widać.