Tak naprawdę ukrytego systemu operacyjnego się nie instaluje - jest to sklonowany system, z którego tworzy się system ukryty. Najpierw trzeba spod Windowsa XP/Visty/7 stworzyć partycję pod ukryty system, pamiętając o szeregu warunków (musi być ona umiejscowiona bezpośrednio za partycją systemową, musi być od niej przynajmniej 5% większa/10%większa w przypadku NTFS). Robi się to za pomocą polecenia "System > Create Hidden Operating System". Następnie TC kopiuje system na tę partycję, szyfrując ją w locie. Dopiero ostatnim krokiem jest ponowna instalacja systemu zwanego Decoy OS, na tej partycji, z której instalowało się ukryty system.
Jak na TrueCrypt (który ogólnie jest programem bardzo przyjaznym użytkownikowi) jest to operacja dość skomplikowana, ale do zrobienia
Niestety artykuł o TC 5 może tylko do pewnego stopnia pomóc w stworzeniu ukrytego systemu - o ile pamiętam w piątej wersji nie było jeszcze tej możliwości.