To nie jest błąd, ale i FMCB tyle nie waży. Przy instalacji wersji multi tworzone są linki symboliczne do tego samego pliku o innych nazwach (bowiem, różne modele konsol poszukują różnych nazw), dlatego OSDSYS traktuje każdy z nich jako oddzielny. Najwyraźniej też instalowany był bez slimowych DVDPLE (czyli w Twoim przypadku FMCB waży ~1.5MB + to co tam jeszcze masz dograne).
Jak chcesz nową instalację to tutaj masz tutorial:
http://konsole.cdrinfo.pl/artykuly/PS2-FreeMCBoot-ESR/
Z poziomu instalatora sformatuj kartę (nie inaczej bo potem nie uruchomisz FMCB (nie będzie go tam ;])) i zaraz potem instaluj wersję multi lub normal.
FMCB jest w mc0:/BxEXEC/, w mc0:/BOOT/ masz jakieś programy, w mc0:/SYS-CONF/ są trzy ważne pliki dla FMCB: FREEMCB.CNF, to jest jego plik konfiguracyjny i dwa moduły *.irx do obsługi USB.
Reszta nie jest istotna dla działania FMCB (zawartość jak i obecność folderu BOOT też nie, tam masz po prostu jakieś programy np. ESR).