Tak, w windzie przy penach jest też opcja "Wysuń" ale kto z niej korzysta?
//Edit
Czyli reasumując, jeśli do tej pory jak odłączałeś urządzenie usb w kompie
BEZ korzystania z opcji Wysuń/Zatrzymaj i nic Ci się nie stało to śmiało możesz breajka odłączać po zbootowaniu konsoli (w jednym i drugim przypadku szansa uszkodzenia jest taka sama - czyli mała)