Ja przezornie przed zainstalowaniem Linuksa odłączam fizycznie wszystkie pozostałe dyski (USB również). Linuks potrafi sobie wykryć nawet dysk wyłączony w BIOS, dlatego tak drastycznie

Nawet jeżeli instalator niczego nie rozwali (na szczęście mi sie nie zdarzyło), to nie chce, żeby mi instalował GRUBa wszędzie gdzie popadnie (akurat w Ubuntu da się wybrać gdzie).
I teraz jeżeli włacze komputer uruchomi się linux. A jak chce raz na miesiąc windowsa to F11 przy starcie i wybieram drugi dysk
Można też rozważyć zainstalowanie windowsa na VirtualBoxie, zwłaszcza jeżeli mamy sprzętową wirtualizację i nie gramy w gry wymagajace 3D.
Jeżeli nie poszczęści się z Ubuntu, zobacz OpenSuSE. Mi bardziej podpasował. Nie używa gParted do instalacji więc może coś będzie lepiej/inaczej pokazywać.
...i na koniec jest przypominam o konieczności robienia kopii zapasowej wszystkich cennych danych. Dyski USB są dziś tanie.