Ale po co szyfrować wszystko?
Wystarczy zaszyfrować dane.
Wydaje mi się że nie ma takiego programu, który by wszystko czyścił.
Możesz spróbować z VirtualBoxem tak jak napisałem.
Cały wirtualny dysk VDI/VHD jest w jednym pliku, możesz te pliki umieścić na szyfrowanej partycji lub w szyfrowanym pliku.
System hosta (może być dowolny) nie będzie zawierać absolutnie nic z poufnych danych, traktujesz go jako dummy.
Jest na nim tylko VirtualBox i TrueCrypt który umożliwa dostęp do zaszyfrowanych wirtualnych dysków twardych.
Do wymiany danych między systemami możesz użyć wspólnego pliku VDI lub dowolną partycję widzianą przez hosta poprzez współdzielenie folderów między hostem a guestem, albo jakieś szyfrowane FTP (guesty można zmostkować sieciowo z hostem).
Trzy pliki na szyfrowanej partycji i masz spokój, póki co nikt TrueCrypta nie złamał.
Pliki wymiany, hibernacji itd także znajdują się w VDI i również będą szyfrowane.
Ba możesz nawet zrobić szyfrowanie TrueCryptem dodatkowo wewnątrz VDI....
Poza tym takie zabezpiecznia to troche overkill, chyba że pracujesz dla FBI

.
Zazwyczaj wystarczy trzymać projekty na zaszyfrowanej partycji.