NTFS zdecydowanie lepiej, choć nie jest przystosowany to pamieci flash i kopiowanie dużej ilości małych plików to masakra.
Na windzie jednak wyboru nie ma - więc wybrzydzać nie można, tym bardziej że NTFS jest stabilny jak skała. Granitowa
Tym niemniej dużo mniej świadomych osób używa FATa.