W przypadku PCX to raczej nie problem z rozmiarem bo 4 i 8bit w danej rozdzielczości zawsze będą mieć ten sam (jak z 16 nie wiem, 24 nie widziałem i nie wiem nawet czy obsługują taki clut

). Jeśli tylko chcesz podmieniać pliki to ja bym tego w ogóle nie rozpakowywał tylko użył bintools i napisał do niego batcha.