Kolejność bootowania ustalasz w biosie (boot device coś tam, różnie są nazywane w różnych biosach). Oczywiście ustaw najwyższy priorytet na napęd optyczny lub USB - z czegoś przecież trzeba zainstalować.
W instalatorze można dzielić na partycje. Można też wywołać cmd.
Nie warto. Na tą 2TB zrobiłbym tablicę na GPT i przeznaczył na dane. A stary na windę, która wstanie tylko z MBR.