Nie to samo. Windowsowy unistaller usuwa to, co człowiek piszący program zaznaczył do usunięcia. Z tego powodu zostają jakieś dll-e w katalogach windy, setki niepotrzebnych wpisów w rejestrze, a często-gęsto nieusuwane są nawet wszystkie pliki z katalogu programu i sam ten katalog.
Natomiast uninstallery, które monitorują proces instalacji, usuwają wszystko do czysta.
Dobry przykład, robiłem kiedyś próbę: na dwóch kompach posadziłem pewnego trial'a

Na jednym z nich chodził uninstaller monitorujący proces instalacji. Po skończeniu okresu próbnego odinstalowałem trial'e standardowym uninstallerem i tym monitorującym. Mimo nawet ręcznej próby przeczyszczenia rejestru itp. na jednym kompie program nie dawał się ponownie zainstalować ("upłynął okres próbny"), natomiast na drugim wgrał się bez żadnego zająknięcia.