Virtual Box jest świetny i spokojnie może stawać w szranki z VM Ware (w domowych zastosowaniach oczywiście). Osobiście nigdy z nim nie miałem takich problemów, ale przyznać muszę że dopiero od niedawna wzięli się za USB. Może spróbuj nowszej wersji.
@Patrix
Też jest obsługiwany. Niestety Win98 to nie moja "kadencja", więc nie wiem jak wygląda jego obsługa USB. Powinno działać, a przez tyle godzin to już zdążył byś przetestować.