Upewnij się, że materiał zawiera tylko 1 ścieżkę audio i video bez wmuxowanych napisów, jeśli ścieżek jest więcej usuń je (i napisy) za pomocą mkvmerge. Wtedy próbuj odtworzyć z napisami .srt osobny plik (plik video i napisów o tej samej nazwie oprócz rozszerzenia oczywiście)
Jeśli to nic nie da spróbuj przerobić napisy srt na IDX/SUP za pomocą
3Dsubtitlera i chyba trzeba je wrzucić do mkv... (za pomocą mkvmerge) spróbuj najpierw jako zewnętrzne.