Czyli jest to rozwiązanie podobne jak w PC-BSD (pakiety pbi).
Odpowiednikiem linuksowym jest pakiet, który jednak nie zawiera bibliotek a jedynie ich listę. I program jest rozsiany po całym systemie (binarka ląduje do /usr/bin, grafiki do /usr/share , biblioteki do /lib itd).
Śmietnika nie ma bo pakiet trzyma całą listę plików, ale można go zrobić instalując/kompilując programy ze źródeł - bo jest to robione poza managerem pakietów i nie wiadomo co gdzie poleciało.
Generalnie widzę że rozwiązanie w OSX jest bardzo fajne
Co do ustawień to w linuksie są dość przemyślane i logiczne, ale z innego punktu widzenia (to system dla wielu użytkowników).
/etc - ustawienia systemowe (wspólne dla wszystkich - moze je modyfikować admin)
/home (gconf też jest w home) - ustawienia dla danego usera
Ustawienia i profile użytkowników w /home mozna wywalić bez żadnej szkody dla działania systemu.
Niestety już w /home panuje pewna dowolność, choć większość programów na szczęście trzyma się zasad.
/home/user/.config/nazwaprogramu (konfiguracja)
/home/user/.cache/nazwaprogramu (cache)
/home/user/.nazwaprogramu (dane)
Ale to nie jest w żaden sposób wymagane. Np Firefox ma profil który ma jednocześnie ustawienia i dane i trzyma to w /home/.mozilla, a cache tam gdzie trzeba.
gconf jest odpowiednikiem rejestru ale tak naprawde są to też pliki w /home/.gconf. Można to potraktować jako ustawienia środowiska danego użytkownika.