[sobrus]

Programy nie są trzymane w /home. Tak jak napisałem system jest oddzielony od uzytkownika i można profil użytkownika wywalić - a programy zostaną.
Programy może oficjalnie instalować tylko administrator i binarki są zazwyczaj w
/usr/bin
albo
/usr/sbin (programy dostępne tylko dla administratora).

Wyszukiwane są tak jak pali napisał poprzez PATH. Niewazne w którym katalogu jesteś - możesz zazwyczaj odpalić dowolny program z dowolnego miejsca wpisując jedynie nazwę binarki.
Oczywiście nie ma problemu aby użytkownik przemycił jakąś binarkę do swojego katalogu home i ją tam uruchomił. Musi być jednak zgodna z resztą systemu (bibliotekami w /lib itd).

A ustawienia są faktycznie ukryte, bo przecież nie ma potrzeby ich zazwyczaj oglądać z managera plików.