Niezależnie od tego gdzie się zainstaluje program i gdzie się nagra wersję portable - ich śmiecenie w systemie jest dokładnie takie samo.
Czyli zamiast pendrive lepiej przegrać wersję portable do "Program Files".
A wersja nieportable zainstalowana na pendrive tak samo zaśmieci karalog C:/WINDOWS jak gdyby była instalowana normalnie.
Więc sensu w użyciu pena nie ma