Ale masz dwa napędy CD? Bo jeżeli jeden to wydaje mi się że to wina tego, że startuje z płyty.
Napęd CD jest zajęty emulowaniem dyskietki bądź dysku twardego - jest widoczny jako A albo C.
Więc nie może być widoczny jako inny napęd, z resztą to nie ma sensu bo wyciągniecie płyty skończy się zwisem systemu.
Jeżeli po boocie z płyty widzisz napęd A: oraz nie widzisz zawartości plyty z której startujesz - to jest normalne. Napęd emuluje stację dyskietek i z całej płyty widzisz tylko 1,44MB lub 2,88MB.
Żeby zobaczyć resztę musisz chyba zaemulować na płycie napęd HDD, albo użyć bardziej zaawansowanych narzędzi (GRUB? Linux?). Niestety nie posiadam wystarczającej wiedzy w tej materii
Jedyna opcja jakąs widzę, to bootowac z jednego napędu i sprawdzić czy widzi drugi.