Windows nadpisał MBR, jest bardzo zaborczy.
Takich rzeczy w ogóle nie robi się z poziomu Windowsa bo ten partycje na czymś innym niż FATy i NTFS traktuje jako nieznane, uszkodzone. Rada na przyszłość taka, w przypadku kiedy masz kilka systemów, wykonywać obraz (przynajmniej samego MBR) i to z niego przywracać system(y). Moim faworytem jest Clonezilla.
Nie bardzo rozumiem trzeciego akapitu. Wchodzisz w managera HDD (diskmgmt) i tam możesz usunąć tą Linuksową partycję i zrobić z niej nową lub przydzielić zajmowane przez nią sektory do innej. Możesz też wgrać sobie GRUBA i z powrotem mieć tak jak było (bo jak się domyślam to tej linuksowej partycji nie ruszałeś jeszcze).