Po sklonowaniu zapewne będziesz musiał przekonfigurować GRUBa i być może fstab.
Czasem linuks dostaje się do urządzeń poprzez nazwę i numer seryjny urządzenia, wiec z innego dysku nie ruszy

.
Jeżeli u Ciebie jest przez etykiete partycji (w co wątpie chyba że sam tak zrobiłeś) albo przez UUID to sklonowane powinno ruszyć, ale zawsze istnieje prawdopodobieństwo że przynajmniej update-grub trzeba będzie zrobić ...
Sprawdz więc czy w fstab nic nie montuje się poprzez "by-id" oraz czy root (który montuje się nie tylko w fstab ale też gdzieś w grubie) też ma coś innego niż "by-id".
Podsumowując do dysku można sie dostać na wiele sposobów
/dev/sdx (to jest chyba ułatwienie dla usera, ale tak nic nie mountujemy przy starcie, bo litery są przydzielane dynamicznie).
/dev/disk/by-label/ <-- moje ulubione choć jakoś nie zalecane
/dev/disk/by-uuid/ <-- zalecane i kompletnie nieczytelne
/dev/disk/by-id/ <-- często domyślnie stosowane, np w suse tak miałem domyślnie.
jakoś tak, mogłem coś pomylić bo to z pamieci, to ostatnie jest na stałę przypisane do fizycznego dysku i po sklonowaniu system się nie odpali. Nawet na drugim identycznym idealnie sklonowanym (numer seryjny dysku musi sie też zgadzać!).
Swap to akurat najmniejszy problem, w ogóle nie trzeba go montować w fstab tylko zrobić swapona gdzies w autostarcie.
Generalnie z doświadczenia znacznie trudniej jest przenieść Linuksa niż Windows, ale jak już się obczai o co biega - to znacznie łatwiej. Można nawet nie klonować tylko skopiować pliki i poprawić gruba.
Skoro już totalnie namieszałem i zaciemniłem to życzę powodzenia