I znowu pomieszałeś mnóstwo rzeczy.
Nie pamiętam kto pisał tamten FAQ, kiedy, ani nawet że istnieje mimo że mam tam moda. Stare dzieje.

Bardzo starym HDD szkodzi inne ustawienie niż poziome lub pionowe. Obecnie produkowanym, zaryzykuję stwierdzenie że od dobrych kilkunastu lat, już nie.
Nagrywarki starożytnych nie odczytują DVD9 (DVD DL). Nie widziałem jeszcze żądnej nowej, która by nie odczytywała DVD-ROM DL. Płyty dla PS2 nie są żadne specjalne (w zasadzie są, ale mieszczą się w standardzie, więc można je bez problemu odczytywać na PC).
System plików na PS2HDD to APA>>PFS (dla przykładu, na USB HDA/OPL widzą tylko MBR>>FAT32). Niczym nie odczytasz tego na PC po za programami, które mają obsługę tego systemu plików (poza tym są niestabilne i łatwo można zniszczyć tablice (czyli wymagany potem format)). Gry dla HDL i OPL są wgrywane na APA>>RAW, w częściach po 128MB. Niczym tego nie defragmentujesz ani z poziomu PC, ani z poziomu PS2.
Na PS2: zależy od Network Adaptora. Teoretycznie Master, ale Szczurowi działa tylko na CS. Na PC tak jak Ci wymusza kontroler.
Bez znaczenia. Ja jako, że lubię porządek w kosmosie, nie zostawiam nieużywanych urządzeń pod prądem.