Jedyne znane mi popularne zastosowanie BFF to wideo DV.
Dziwne, że program nie pozwala zmianiać tak podstawowego parametru
Usuwanie przeplotu, jeżeli źródło jest z przeplotem, nie jest zazwyczaj dobrym wyjściem. Przeplot powinno się zachować
Jedyne rozwiązanie "na szybko" jakie mi przychodzi do głowy to przekodowanie plików źródłowych z TFF na BFF, tak aby profil pasował, np AviDemuxem (+filtr swap fields albo coś takiego powinno być).
Aby zminimalizować utratę jakości przy rekompresji dać jakość na max ile się da, cq=1.