Kurz nie niszczy płyt (w rozsądnej jednostce czasu, ale wątpię aby leżały u Ciebie kilkaset lat

). Jeśli były to DVD-/+/R/RW to wpłynęło na nie promieniowanie ultrafioletowe.
MKV to kontener, a VOB to tylko nazwa pliku na film w MPEG2. Można zrobić to sensownie, bezstratnie jak napisałem w poście wyżej. Jeśli ciął Ci się dźwięk w MKV na PS2 to była to wina słabego transferu przez USB 1.1 i/lub zbyt wysokiego bitrate filmu. Generalnie rzecz biorąc PS2 średnio się nadaje w roli media center. Od tego jest Xbox, który ją miażdży pod każdym względem w tej materii (w materii SD oczywiście i ewentualnie HDReady).
PS3 i X360 w roli media center jeszcze mniej się nadają od Xbox'a. Z racji ubogiego oprogramowania. Mają przewagę jedynie technologiczną (procki zdolne popchnąć BD-Video) i SATA, USB2.0 i 1Gb Ethernet do przesyłania. Gołe te konsole to jeszcze większa bieda.
Smutna prawda jest taka, że do tego nadaje się po prostu HTPC, czyli mały komputer na x86/x64. Nic lepszego obecnie nie znajdziesz.