A jakie to ma znaczenie? Oczywiście, że jeden jest tylko SYSTEM.CNF i w nim podajesz ścieżkę do PS-X EXE z pierwszej płyty. Jeśli pliki wykonywalne z pierwszej i kolejnych płyt się różnią do dorzucasz je do płyty.
Np:
- SYSTEM.CNF prowadzi do ZIUTA.PSX (czyli pierwotnie np. SCES_12345 z pierwszej płyty)
- SCES_12345 (czyli egzek z drugiej płyty)
Czy zastanowiłeś się jak wyNOPujesz funkcję odpowiedzialną za zatrzymanie gry i prośbę o swap płyt w napędzie? To jest kluczowa sprawa bez której całe to przedsięwzięcie nie ma sensu. Więc zanim zaczniesz grzebać i "wprowadzać kolejne niewiadome w równaniu", rozwiąż najpierw tę kwestię, czyli doprowadź do sytuacji w której po walce z "wilczką" i otworzeniu drzwi do fabryki gra nie będzie prosić o zmianę płyt i po otworzeniu kolejnych drzwi się zawiesi. Dopiero wtedy kombinuj ze scalaniem obu płyt bo dopiero wtedy to będzie mieć sens.