Do CCleanera są dodatkowe zewnętrzne filtry.
CCleaner - efektywniejsze czyszczenie rury
link bezpośredni (ale czytaj co zaznaczasz w programie

)
Jeśli nie hibernujesz to wyrzuć. Na NT6.1 i nowszych wyłączając hibernację, automatyczne Windows pozbywa się hiberfil.sys (powercfg hibernate /off (czy jakoś tak, wyguglasz)).
Możesz wywalić aplikacje systemowe, gry itd. z Program Files i nic mu się nie stanie. Ale nie ma sensu, to groszowe sprawy.
WinSxS Ci się pewnie rozrósł jak nowotwór. Któraś poprawka do Windows 7 pozwalała wyczyścić ten śmietnik. A Windows 8 ma już "w standardzie".