Aaa, ja myślałem że zabootowałeś grę z PSXa i mrozi się na ekranie z niebieskimi napisami, grze straszą*że będziesz smażył się w piekle za to co zrobiłeś.
To może napisz co konkretnie robiłeś... bo tak to możemy sobie pisać długo i namiętnie o niczym.
Jak rozumiem:
1. Kopiujesz pliki z obu płyt (to ten MGS, tak?)
2. Jeśli któryś się powtarza, a mają inne sumy kontrolne, co oznacza że się różnią, zmieniasz im nazwy i zmieniasz nazwy też wewnątrz PS-X EXE, tak?
3. SYSTEM.CNF prowadzi do pierwszego EXE, tak?
4. Kompilacja to mode2 (bloki po 2352b), jedna, zamknięta sesja, tak?
Czy w ogóle sprawdzałeś czy Twoja kompilacja albo ta gra się odpala? Od tego trzeba byłoby zacząć.

Czyli po prostu:
1. Sprawdź czy oryginalna gra chodzi na POPSie.
2. Jeśli tak to sprawdź czy przepakowana chodzi.