Widzę, że kompletnie nie rozumiesz co zrobiłeś. <siada wygodnie w fotelu i rozpala fajkę>
Są różne systemy plików przeznaczone na różne urządzenia i w różnych różnie to zostało opracowane. Oprócz zwykłych danych, są też dane korekcyjne na wypadek błędów odczytu (uszkodzenia fizyczne, losowe błędy odczytu itd.) po to aby program, który zajmuje się obsługą nośnika i formatem danych na nim, wiedział że to co odczytał jest poprawne. Żyjemy w takim świecie, że nawet neutrina mogą mieć wpływ na takie rzeczy, więc mądrzy ludzie musieli wymyślić jakiś system, który zabezpieczy ich przed losową utratą danych.
Jednym z antycznych zabezpieczeń jest celowe uszkodzenie danych korekcyjnych, abyś nie mógł tego ot tak sobie skopiować. "Zwykły program" myśli że nośnik jest uszkodzony (ponieważ nie zgadza się suma z danymi, które opisuje), podczas gdy firmware PSX w ogóle tego nie odczytuje (i dlatego można to było zastosować).
Więc to co zrobiłeś to kopię plików+dane korekcyjne. Są przeplecione bo to co sektor idzie. Ale tego z oczywistych względów gra nie odczyta. Teoretycznie więc, trzeba z każdego bloku po 2352b odciąć tyle aby zostawało 2048b. Nie wiem jednak jak to wygląda bo nigdy się tym nie interesowałem (być może "śmiecie" są na końcu).