W końcu znalazło się odpowiednie
rozwiązanie dla problemu
Paczka zawiera wszystkie potrzebne pliki by skompilować dwa obrazy płyt w jeden i oczywiście instrukcję jak to zrobić (pliki *.bin należy nazwać eve-1.bin i eve-2.bin).
W sumie nie sprawdziłem jeszcze czy działa motyw na POPS'ie (w każdym razie gra się uruchamia normalnie, tylko nie doszedłem jeszcze do walki ze Sniper Wolf), ale podobno w ePSXe tak.
Aha, i jeszcze jedna ważna rzecz; Programik jest napisany pod wersję NTSC MGS'a (SLUS-005.94, SLUS-007.76).
Tutaj można znaleźć "kompilatory" dla innych gier wielopłytowych