Powinny być w zipe wszystkie dane ze wszystkich partycji: system, boot, data itd.
Przed wgraniem custor romu sformatuj wszystkie partycje poza boot i recovery jeśli jest na oddzielnej, inaczej pewnie będziesz mieć bootloop (ponieważ wgrywając rom tylko dodasz pliki, a istniejące nadpiszesz tymi z archiwum; dalvik cache tez pewnie będzie powodował problemy).
@mgit
Przecież napisałem... Inaczej kopii nie zrobisz. To co robią clockworki to kopie plików, a nie obraz flasha. Niestety, ale w niektórych przypadkach nawet stety.