Jeśli program na tym nośniku, daje się skopiować, zainstalować, uruchomić itd. to po prostu uruchom go nie z tego nośnika tylko np. z dysku twardego, ale z włożonym tym "pendrive'm" do komputera. Jeśli odpali się bez problemu to znaczy że sprawdza obecność urządzenia i to jest dongle (a sprawdzać może na różne sposoby, najprostszy i pewnie nie jedyny to po PID i VID).
Jeśli to jest dongle to musiałbyś poznać zasadę działania zabezpieczenia i je usunąć albo fizycznie odtworzyć wykorzystywane urządzenie (a skoro w ogóle o to pytasz to znaczy, że nie jesteś reverse engineer i nic z tym nie zrobisz
).
W każdym razie, na pewno jakieś zabezpieczenie jest przed kopiowaniem, (niewykluczone że dongle jest jedynym, ani nawet że owy dongle nie posiada kilka różnych form zabezpieczeń). Postaw się w roli producenta - czy pozwoliłbyś aby klient kopiował go sobie bez przeszkód na co tylko chce, bez żadnej weryfikacji oryginalności? To prosta droga to piractwa.