Jeżeli masz dostęp do roota na tym serwerze to zrób to przez rsync'a.
rsync łączy się po ssh z serwerem docelowym i przy użyciu protokołu rsync robi kopie danych. Działa to zdecydowanie szybciej niż sposób wyżej, bo rsync wysyła tylko zmienione dane, natomiast w przypadku ftpa za każdym razem wysyłasz całość.
Można też*wykorzystać coś bardziej gotowego - np. rsnapshot
http://www.rsnapshot.org
Tutaj jest manual
http://www.rsnapshot.org/howto/1.2/r...-HOWTO.en.html