Bad sectory, najpierw musiałyby wyczerpać się z puli zapasowych (relocated sector count w S.M.A.R.T, zresztą w ogóle powinieneś co jakiś czas monitorować stan dysku sprawdzając krótkie testy S.M.A.R.T).
Ciężko diagnozować w obudowie USB bo to kolejny czynnik fuckogenny.
Nie korzystałem nigdy z wersji na Windows tego programu, mam też ograniczone zaufanie do takich portów. Ale załóżmy że wersja na Windows 'działa poprawnie', czy po przywróceniu tablicy systemu plików, przeskanowałeś każdą z nich by przywrócić im tablice systemów plików?
Dawno nie używałem testdisk, więc tak z głowy nie poprowadzę krok po kroku.