CueTools:
http://cue.tools/wiki/CUETools_Download
Program bez rekompresji, na podstawie danych zawartych w pliku .cue dzieli pojedyńczy plik .flac na pojedyńcze utwory.
Po takim podziale można oczywiście wybrać, które utwory chce się nagrać.
Tutaj jest dokładna "instrukcja obsługi programu":
http://cue.tools/wiki/CUETools