najpierw wyciągasz AC3 z filmu Nandubem, poprawnie zapisujesz itd.
potem wciągasz plik AC3 do BeeSweet (poprzez BeSweetGUI) i zapisuejsz jako "Six Waves" czyli sześcio-kanałowy *WAV. przy okazji możesz robić zmianę FPS. po zapisaniu pliku możesz go wczytać do SoftEncode i powiewnieś mieć 6 osobnych ścieżek. podobną operację można zrobić chyba w AC3Machine tzn. zapisać AC3 jako AC3-WAV ale nie wiem jak to wyjdzie bo nie próbowałem.
nie wiem co chcesz zrobić ale takie przygotowywanie ścieżki audio do filmu to strata czasu i jakości (rekompresja) bo przecież skoro masz już gotową i dobrą ścieżkę 5.1 - nie warto jej dodatkowo obrabiać... chyba że robisz coś nowego