1. z wymienionych kodeków polecam xvida - wg mnie - lepsza jakość obrazu
2. a jeżeli chodzi o programy to polecam VirtualDub-a i wszystkie jego przeróbki z przeróżnymi opcjami -
www.virtualdub.org lub
www.divx.pl
3. przycinanie wykonywać w trybie "direct stream copy" (zarówno audio jak i video)