to zapewne wina AC3Machine, które nie grzeszy jakością dźwięku
sprawdź czy nie masz gdzieś zaznaczenia przy parametrach dynamiki, volume, Downmix itd. - może soft coś "poprawił" a powinien tylko zmienić FPS...
poza tym właśnie zmiana FPS może spowodwać takie problemy - przy takich operacjach jest zawsze ryzyko błędów i utraty jakości... chciaż ja nigdy nie miałem takich problemów.
zawsze możesz też zmiejszyć poziom sygnału dla głośnika centralnego ale to wyjście awaryjne...