może powodem jest audio w pliku źródłowym ? rozdziel plik Mpeg2 na audio i video (TMPGEnc->Mpeg Tools->Demultiplex) i spróbuj odtworzyć je osobno... zobaczymy co się wysypie
i zmień w kamerze ustawienie nagrywania audio na 16 bit/48 kHz - to absolutny standard dla DVD...