To, że 5 PGC ma odwołania do filmu to akurat nie problem. Duplicate VobId to źródło Twoich kłopotów. ReAuthorist się niestety do tego nie nadaje. W takich przypadkach trzeba skorzystać z demux by VOB Id oraz następcy RA czyli
ScenAid. Zasada działania jest z grubsza taka sama więc może nie będzie problemu.
Ten kolor obwódek też właściwie nie powinien wystąpić (no chyba, że jakoś się pobawiłeś domyślną paletą i ustawieniami w Scenarist'e).
Poprawienie tego startu może nie być trywialne niestety... Spróbuj prześledzić proces przejścia do filmu i po znalezieniu właściwego PGC trzeba będzie wykombinować metodę na skorygowanie.