Sprawa się wyjaśniła. Mój problem dotyczy dodatków w PAL'u i z Interlace'm. Winowajcą byl BatchCCEWS w wersji 0.9.1.3. Po zastąpieniu go nowszą wersją 0.9.1.4 (znacznie poprawioną) dodatki odtwarzają się bez efektu stroboskopowego.
Wyszła już nowsza wersja 0.9.1.5, ale jeszcze jej nie testowałem.