Zależy do czego.
Najistotniejsze argumenty różniące linuksa od dużych wind (bo małe IMO odpadają). Pomijam czynniki ideowe:
Za linuxem:
1. Cena i warunki licencji (darmowego linuxa należałoby porównywać z ceną licencji BOXowej windy, bo zgodnie z prawem zmieniając komp, lub jego część, z którą zakupiony był komp musisz kupić kolejną licencję)
2. Znikome zagrożenie wirusami i trojanami (pisane zazwyczaj pod windę a nawet konkretne ooopslocki czy IE)
3. Ilość darmowego oprogramowania
4. Minimalne wymagania sprzętowe (windy nie da się postawić w trybie tekstowym - a linux w trybie tekstowym może w zasadzie wszystko, co w trybie graficznym).
5. Mniejsze zagrożenie domorosłymi hakerami (którzy często znają tylko windowsa).
6. Konfigurowalność uprawnień dla programów i userów.
7. Trzeba się bardzo postarać, by jakimś programem wyłożyć system operacyjny (stabilność samych systemów trudno porównywać - IMVHO jest podobna. Tylko pod linuxem system jest bardziej odporny na błedy programów - wystarczy je skilować i system chodzi dalej).
8. Większa wydajność i możliwości w zastosowaniach sieciowych
9. System po skonfigurowaniu praktycznie bezobsługowy - nie puchnie, nie ma potrzeby czyszczenia rejstrów, przeinstalowywania itd (wiąże się to w sumie z tym, że programy nie mieszają w systemie)
Za windą:
1. Nie gorsze sterowniki (a często lepsze) niż linuksowe do wielu sprzętów
2. Większość gier jest pisana pod windę.
3. Popularność systemu (jak już ktoś liźnie jakiegoś systemu, to jest to windows. Trudno znaleźć osobę, która zaczynałaby od linuksa).
Generalnie zależnie od zastosowania - na serwerek czy do prac biurowych - wybrałbym linuxa. Do kompa rozrywkowego (czyli gry, DVD, divx itp) windowsa. Oczywiście bywają detale, które przeważają - ja np. potrzebuję Windowsa, bo tylko drivery do niego pozwalają na enkodowanie do DD przez SoundStorma.
Jeżeli windows - to linia oparta na DOSie (do ME włącznie) odpada. Za mała stabilność i słabe zabezpieczenia. Cieniutki FAT(32). WinXP + NTFS jest najlepszą z wind - dosyć dotarta, poprawiona a jednocześnie jeszcze niespatyniała myśl techniczna