skoro po przeróbce video ma nadal taką samą długość, to rozumiem, że film źródłowy ma 25 FPS...
a skoro ci się audio "skraca" to może niepotrzebnie coś z nim robisz...
może w AC3Machine/BeeSweet masz niepotrzebnie zaznaczoną zmianę FPS
albo użyj do wyciągnięcia audio z AVI innego softu np. Goldwave albo Adobe Audition: wczytujesz film i zapisujesz audio jako WAV - to bardzo dobra i prosta metoda. wtedy nie trzeba się bawić BeeSliced.