Zawsze tak się dzieje czy w jakimś konkretnym przypadku?
Sprawdź czy masz najnowszą wersję. Jeśli tak to może spróbuj jakiejś starszej wersji. Czym generowałeś pliki .sub (mam nadzieję, że nie pomyliłem rozszerzenia

) ?
(zgaduję, że chodzi o (S)VCD więc przenoszę do właściwego forum)