Pinnacle'm obrobiłeś VOBa i zapisałeś też jako VOB, tak? (i obrabiałeś tylko tego jednego VOB'a ?)
W ten sposób chyba się nie da.. W każdym razie nic sensownego nie przychodzi mi do głowy. Nie znam Pinnacle'a ale może spróbuj tak:
1. wyciągnąć z całego titlesetu (zestawu vobów o wspólnym VTS_x) audio i video (np Vobedit'em)
2. w Pinnacle'u wczytać audio i video, wyciąć zbędne fragmenty, dołożyć chaptery (rób tak jakbyś chciał wygenerować płytkę od nowa) ; wygeneruj płytkę DVD (mam nadzieję, że Pinnacle nie będzie próbował tego przekodowywać)
3. Z oryginału zgraj do jakiegoś katalogu wszystkie pliki z wyjątkiem tych które obrabiałeś w Pinnacle'u, skopiuj do tego samego katalogu pliki VTS_x_*.VOB (jeśli nie zgadzają się numery titlesetów między tym co było na płytce a tym co zrobił Pinnacle to zmień nazwy tych wygenerowanych). Teraz zostaje Ci użycie IfoUpdate (original IFO to to co zgrałeś z płytki, authored IFO to to co wygenerował Pinnacle). Pozostaje sprawdzić czy wszystko jest ok najpierw na jakimś PowerDVD/WinDVD a potem na dvdrw i stacjonarny
Good Luck!