VDMod to Virtual Dub Mod.
Nie wiem czy robisz coś nie tak, podsunąłem ci możliwość sprawdzenia tego. Jeśli TMF automatycznie to zrobi i będzie dobrze to prawdopodobnie robisz coś nie tak
.
Jak masz już przerobione video to polecam dvdauthorgui. Połączysz w nim video audio i napisy i zrobisz aurhoring płytki. Obsługa banalna wystarczy wskazać pliki. Nie pamiętam adresu skąd można pobrać ale pewnie znajdziesz bez trudu w googlach. Program jest free.