Na drugie pytanie masz odpowiedź w tym samym wątku trochę powyżej...
Co do pierwszego pytania to tak jak napisałeś to może być możliwe wtedy, gdy ktoś miał 3 odcinki jako jeden film (czas biegł od zera do końca), potem pociał ten film na 3 odcinki i każdy odcinek wrzucił do innego VTS... Wtedy czas fimu biegłby od początku do końca a rozdziały byłyby od zera dla każdego odcinka. Przy czym nie byłoby płynnego przejścia pomiędzy odcinkami (VTS).
Mi osobiście trudno coś z tego wywróżyć jednoznacznie, szczególnie gdy nie widzę pliku IFO.
Tak jak napisałeś to jest możliwe (aczkolwiek dla mnie trochę to dziwne - choć ktoś kto robił authoring mógł mieć taki pomysł z braku innego

), ale równie dobrze może być inaczej a kłopot leży, np. w złym ustawiniu ChapterXtractor-a...
Pozdrawiam!