Widać musiałem się przespać z problemem
Jak się okazało materiał złożony był z dwóch VOB id - 4 sekundowa czołówka studia i film
Przy demux PGC w środku pliku (po czołówce) znajdował się znacznik końca strumienia. Dlatego nie chciało się wcałości wczytywać do Maestro, a nie zgłaszało błędu.
Czyli rozwiązanie problemu było proste - demux po VOB id