Jeśli płyta nie jest bootowlna to gdzieś na płycie jest skrypt tworzący dyskietki 3.5', które są bootowalne. Jest ich bodajże 5. Wkładasz pokolei dyskietki (najpierw ustaw stację 3.5' jako primary podczas bootu) później wkładasz płytę instalacyjną. System potem instaluje się bezproblemowo.
Dokładnie nie pamiętam gdzie znajduje się ten skrypt, ale jeśli znajdę swoją płytkę od Win2k to przeszukam ją pod tym kątem i podam lokalizację tego pliku
/edit
Tutaj masz małe HowTo, jak tego dokonać:
http://www.computerhope.com/boot.htm#07