Wina może leżeć po stronie nośników. Nie ma idealnie takich samych nośników, nawet jak pochodzą z jednej partii. Poza tym, przy takim masowym duplikowaniu laser jest katowany i nie jest to już takie wypalanie, jak pojedyńczej płytki co jakiś czas. Nawet w profesjonalnych duplikatorach występuje ten problem i jeżeli płytki są średniej jakości, to nie ma na to ratunku. Na próbę możesz spróbować wymienić jednego LiteOna na jakiegoś Plextora i sprawdzić, czy płytki wypalane na Plexie ZAWSZE będą bez błędów.
Jest jeszcze kwestia wiarygodności pomiaru błędów. Czy dane z nośników z błędem są odczytywane poprawnie, czy są z tym jakieś problemy?
Kolejna sprawa, to chłodzenie. Czasem nagrywam na 2, 3 nagrywarkach jednocześnie i wiem, ile to ciepła wydziela. Jeżeli chcesz tego używać masowo, to radziłbym zrobić dobre chłodzenie. Na pewno nie zaszkodzi, a przedłużysz tym żywot napędów.
No i dołożyłbym jeszcze 256MB ramu. Też nie zaszkodzi, a może nawet pomoże

I nie nagrywaj płytek z prędkością x40. Optymalną prędkością dla tych nagrywarek jest x16-x24. Myślę, że te kilkanaście sekund różnicy nie robi , a i tak zaoszczędziłbyś czas na testowaniu płytek, jeżeli to by poprawiło jakość zapisu (a powinno).
Jeszcze tak z ciekawości, mógłbyś podać co to za kontrolery na PCI? Jaka firma i model. Bo z tym jest różnie i jedne działają, a inne nie chcą.